Indipendentemente dalla rilevanza delle esperienze comunicate, affinchè un articolo medico-chirurgico sia scientificamente corretto, la forma e la strutturazione del contenuto devono rispettare regole ben precise. Nell’ auspicio di fare cosa gradita (è utile), soprattutto ai lettori più giovani, questa rubrica periodica illustrerà in dettaglio l'arte del saper scrivere in medicina e chirurgia.


Medical writing

La ricerca bibliografica


Scrivere un lavoro scientifico e ancor di più condurre una ricerca in un determinato ambito della medicina e della chirurgia presuppongono una attenta revisione della letteratura esistente in modo da ottenere informazioni complete ed avere, conseguentemente, una conoscenza il più ampia possibile nel settore di interesse. Oltre che eticamente corretto, questo iter procedurale eviterà al ricercatore o a colui che si accinge a scrivere un lavoro di spendere inutili energie e perdere forse mesi di tempo per qualcosa che è già stato pubblicato da altri in passato, riducendo così al minimo le possibilità che i propri sforzi si traducano nel risultato sperato, ovvero la pubblicazione del manoscritto 1. Nella stesura di un lavoro la bibliografia rappresenta, pertanto, una momento fondamentale. Deve essere allo stesso tempo commisurata alla tipologia del manoscritto (un case report non potrà mai avere lo stesso numero di riferimenti bibliografici di un lavoro originale e ancor meno di una review) e completa. Per facilitare il compito dell’autore, spesso nelle norme editoriali è riportato il numero massimo di riferimenti bibliografici per i singoli case report, mentre normalmente per review e meta-analisi non vi è limite prefissato. Non bisogna tralasciare i riferimenti bibliografici più importanti, tenendo sempre a mente che parte del

peer review di un manoscritto inviato ad una rivista impattata è focalizzato proprio sulla completezza e appropriatezza delle citazioni bibliografiche 2. Quando si parla di rilevanza di una fonte bibliografica, al di là della nostra personale considerazione e della stretta connessione con il lavoro che stiamo stendendo e che ne potrà pertanto essere influenzato, valgono i criteri dell’evidenza scientifica già menzionati in un precedente numero della rivista 2. Questi si rifanno alla Oxford Hierarchy of Evidence che qui riportiamo nuovamente in forma tabulare per coloro che si avvicinano per la prima volta a questa rubrica (Tabella I). Al livello di evidenza fa riscontro il grado di raccomandazione del lavoro scientifico (Tabella II). Review sistematiche, meta-analisi e trial randomizzati controllati occupano le posizioni di maggior rilievo: se nell’area clinica su cui ci stiamo impegnando sono stati pubblicati lavori con elevato grado di raccomandazione (forte evidenza) sarà bene che non manchino nella nostra bibliografia. Mancanze del genere potrebbero, infatti, da un lato non passare inosservate da parte del reviewer del nostro manoscritto, dall’altro dare meno spessore ai commenti presenti in discussione se non, addirittura, alle conclusioni a cui siamo arrivati. Al di là dell’importanza nel percorso di una ricerca scientifica e nella stesura dei lavori scientifici, la bibliografia che ne è alla base e, per essere più precisi, le citazioni delle fonti bibliografiche che saranno poi fatte nei manoscritti, quando pubblicati, rappresentano un importante strumento per analizzare e valutare oggettivamente il peso (l’impatto scientifico) di tutti gli articoli editi a stampa e conseguentemente l’impatto delle stesse riviste su cui questi articoli vengono pubblicati.


Tabella I - Oxford Hierarchies of Evidence. Livelli di evidenza per lavori su terapia, diagnosi, prognosi, studi dia gnostici differenziali e analisi economiche, come pubblicato on-line nel sito del CEBM (Centre for Evidence-Based Medicine) della Oxford University

Level Therapy / Prevention
Aetiology / Harm
Prognosis Diagnosis Differential diagnosis /
symptom
prevalence study
Economic and
decision analyses
1a SR (with homogeneity)
of RCTs
SR (with homogeneity) of inception cohort studies; CDR validated in different populations SR (with homogeneity) of Level 1 diagnostic studies; CDR with 1b studies from different clinical centres SR (with homogeneity) of prospective cohort studies SR (with homogeneity) of Level 1 economic studies
1b Individual RCT (with narrow Confidence Interval) Individual inception cohort study with > 80% follow-up; CDR validated in a single population Validating cohort study with good reference standards; or CDR tested within one clinical centre Prospective cohort study with good followup Analysis based on clinically sensible costs or alternatives; systematic review(s) of the evidence; and including multi-way sensitivity analyses
1c All or none All or none caseseries Absolute SpPins and SnNouts All or none caseseries Absolute better-value or worse-value analyses
2a SR (with homogeneity) of cohort studies SR (with homogeneity) of either retrospective cohort studies or untreated control groups in RCTs SR (with homogeneity) of Level > 2 diagnostic studies SR (with homogeneity) of 2b and better studies SR (with homogeneity) of Level > 2 economic studies
2b Individual cohort study (including low quality RCT; e.g. < 80% follow-up) Retrospective cohort study or follow-up of untreated control patients in an RCT; derivation of CDR or validated on splitsample only Exploratory cohort study with good reference standards; CDR after derivation, or validated only on split-sample or databases Retrospective cohort study, or poor followup Analysis based on clinically sensible costs or alternatives; limited review(s) of the evidence, or single studies; and including multi-way sensitivity analyses
2c "Outcomes" Research; Ecological studies "Outcomes" Research Ecological studies Audit or outcomes research
3a SR (with homogeneity) of case-control studies SR (with homogeneity) of 3b and better studies SR (with homogeneity) of 3b and better studies SR (with homogeneity) of 3b and better studies
3b Individual Case - Control Study Non-consecutive study; or without consistently applied reference standards Non-consecutive cohort study, or very limited population Analysis based on limited alternatives or costs, poor quality estimates of data, but including sensitivity analyses incorporating clinically sensible variations
4 Case-series (and poor quality cohort and case-control studies) Case-series (and poor quality prognostic cohort studies) Case-control study, poor or nonindependent reference standard Case-series or superseded reference standards Analysis with no sensitivity analysis
5 Expert opinion without explicit critical appraisal, or based on physiology, bench research or "first principles" Expert opinion without explicit critical appraisal, or based on physiology, bench research or "first principles" Expert opinion without explicit critical appraisal, or based on physiology, bench research or "first principles" Expert opinion without explicit critical appraisal, or based on physiology, bench research or "first principles" Expert opinion without explicit critical appraisal, or based on economic theory or "first principles"
SR = Systematic Review; RCT = Randomised Controlled Trial; CDR = Clinical Decision Rule. Per le definizioni dettagliate si rimanda al glossario disponibile sul sito del CEBM (www.cebm.net/index.aspx?o=1025). Produced by Bob Phillips, Chris Ball, Dave Sackett, Doug Badenoch, Sharon Straus, Brian Haynes, Martin Dawes since November 1998. Updated by Jeremy Howick March 2009.


Tabella II - Grades of Recommendation. Gradi di Raccomandazione basati sulla precedente tabella dei livelli di evidenza di un lavoro scientifico, così come pubblicato on-line nel sito del CEBM (Centre for Evidence- Based Medicine) della Oxford University

A consistent level 1 studies
B consistent level 2 or 3 studies or extrapolations from level 1 studies
C level 4 studies or extrapolations from level 2 or 3 studies
D level 5 evidence or troublingly inconsistent or inconclusive studies of any level
"Extrapolations" are where data is used in a situation that has potentially clinically important differences than the original study situation.


tante strumento per analizzare e valutare oggettivamente il peso (l’impatto scientifico) di tutti gli articoli editi a stampa e conseguentemente l’impatto delle stesse riviste su cui questi articoli vengono pubblicati. L’impact factor di una rivista si basa proprio sul numero di citazioni fatte degli articoli su di essa pubblicati in una unità di tempo *. È possibile ricavare l’impact factor dal numero delle citazioni in quanto esistono degli appositi indici delle citazioni. I due maggiori servizi di indicizzazione delle citazioni disponibili per uso accademico, scientifico e di consultazione sono forniti da due società editrici: – ISI (ora parte della Thomson Scientific), che pubblica l’ISI citation indexes sia su supporto cartaceo che su compact disc. Si può accedere ad essi attraverso il web sotto il nome di Web of Science, che è una sezione del gruppo di database del Web of Knowledge. – Elsevier, che pubblica Scopus, disponibile esclusivamente on line, il quale combina la ricerca di argomenti con quella delle citazioni su tutte le riviste di scienze applicate e sociali. Oltre al database della ISI e a Scopus, esistono anche altri servizi di indicizzazione delle citazioni, tutti disponibili on line. Al contrario dei due maggiori indici, questi altri servizi non sono a pagamento e danno libero accesso a chiunque ne sia interessato. All’inizio i database di indicizzazione delle citazioni furono creati al fine di estrarre informazioni. Oggi vengono sempre più utilizzati con fini bibliometrici e per altre analisi che comportano una valutazione delle ricerche. I dati sulle citazioni presenti nell’indice pubblicato dall’ISI sono alla base dell’impact factor delle riviste scientifiche.


* L’impact factor, spesso abbreviato IF, è la misura che riflette il numero medio di citazione degli articoli pubblicati su giornali scientifici. L’impact factor è stato ideato da Eugene Garfield, fondatore dell’Institute for Scientific Information (ISI), ora parte della Thomson Reuters. Viene calcolato ogni anno per tutte quelle riviste indexate dal Journal Citation Reports della Thomson Reuter. Viene preso in considerazione un periodo temporale di tre anni. Si valuta il numero medio di volte che un lavoro scientifico viene citato in un arco di tempo fino a due anni dalla sua pubblicazione. Ad esempio, l’IF 2010 viene così calcolato: A = numero di volte che un articolo pubblicato nel biennio 2008-9 è stato citato su riviste indexate nel 2010; B = il numero di articoli, review, atti, case report pubblicati nel 2008-2009 dalla rivista in esame; impact factor 2010 = A/B. N.B.: l’IF 2010 può essere pubblicato solo nel 2011 (normalmente ciò avviene tra giugno e luglio). Nell’anno in corso è disponibile l’IF del 2009.


CITAZIONI E STILI BIBLIOGRAFICI

Come già ricordato in un precedente editoriale, esistono due tipologie differenti di stili per compilare l’elenco dei riferimenti bibliografici e citare questi nel testo: il Vancouver Style e l’Harvard System. Il Vancouver Style segue le linee guida dei Uniform Requirements for Manuscripts Submitted to Biomedical Journals pubblicati dall’International Committee of Medical Journals Editors (ICMJE) 3. Il riferimento bibliografico deve essere citato nel testo in numeri arabi progressivi tra parentesi tonde e nella lista dei riferimenti bibliografici questi devono seguire l’ordine progressivo apparso nel testo. I nomi degli autori vengono tutti riportati nel riferimento bibliografico fino al sesto compreso, oltre il sesto (dopo il nome del sesto autore) viene scritto et al. Esemplificazioni di questa modalità di riportare i riferimenti bibliografici (estremamente diffusa tra i giornali medici aderenti al gruppo di Vancouver) si trovano nella Tabella III. L’Harvard System prevede, al contrario, che nel testo vengano citati tra parentesi tonde nome dell’autore ed anno di pubblicazione del lavoro. Nella lista dei riferimenti bibliografici questi dovranno seguire l’ordine alfabetico dei nomi dei primi autori di ogni articolo citato nel testo. L’autore di una pubblicazione può essere citato nel testo sia in maniera diretta che indiretta. Nel primo caso, tra parentesi, sarà citato solamente l’anno di pubblicazione del lavoro, nel secondo caso sarà citato tra parentesi sia il nome dell’autore che l’anno di pubblicazione.



Tabella III - Stesura dei riferimenti bibliografici secondo il Vancouver Style. Tratto e modificato da International Committee of Medical Journal Editors (ICMJE) Uniform Requirements for Manuscripts Submitted to Biomedical Journals: Sample References (aggiornati all’agosto 2009 e revisionati nel luglio 2010). Per maggiori dettagli: http://www.nlm.nih.gov/bsd/uniform_requirements.html

Articoli su Riviste
Articoli standard pubblicati su riviste
Elencare i primi sei autori seguiti da et al. (Nota: la NLM ora elenca tutti gli autori) Halpern SD, Ubel PA, Caplan AL. Solid-organ transplantation in HIV-infected patients. N Engl J Med. 2002 Jul 25; 347 (4): 284-7. In alternativa, se la rivista segue una numerazione di pagina continua lungo tutto il volume (come avviene oggi per la maggior parte delle riviste mediche) non è necessario citare mese e numero del fascicolo. Halpern SD, Ubel PA, Caplan AL. Solid-organ transplantation in HIV-infected patients. N Engl J Med. 2002; 347: 284-7. Qualora vi siano più di sei autori: Rose ME, Huerbin MB, Melick J, Marion DW, Palmer AM, Schiding JK, et al. Regulation of interstitial excitatory amino acid concentrations after cortical contusion injury. Brain Res. 2002; 935 (1-2): 40-6.
Organizzazioni come Autore
Diabetes Prevention Program Research Group. Hypertension, insulin, and proinsulin in participants with impaired glucose tolerance. Hypertension. 2002; 40 (5): 679-86.
Sia Singoli Autori che Organizzazioni come Autore
Vallancien G, Emberton M, Harving N, van Moorselaar RJ; Alf-One Study Group. Sexual dysfunction in 1,274 European men suffering from lower urinary tract symptoms. J Urol. 2003; 169 (6): 2257-61.
Volume con Supplemento
Geraud G, Spierings EL, Keywood C. Tolerability and safety of frovatriptan with short- and long-term use for treatment of migraine and in comparison with sumatriptan. Headache. 2002; 42 Suppl 2: S93-9.
Articoli pubblicati elettronicamente prima della versione edita a stampa
Yu WM, Hawley TS, Hawley RG, Qu CK. Immortalization of yolk sac-derived precursor cells. Blood. 2002 Nov 15; 100 (10): 3828-31. Epub 2002 Jul 5.
Libri di Testo ed altre Monografie
Di singoli Autori
Murray PR, Rosenthal KS, Kobayashi GS, Pfaller MA. Medical microbiology. 4th ed. St. Louis: Mosby; 2002.
Di Autori ed Editori
Breedlove GK, Schorfheide AM. Adolescent pregnancy. 2nd ed. Wieczorek RR, editor. White Plains (NY): March of Dimes Education Services; 2001.
Di Organizzazioni come autore
Advanced Life Support Group. Acute medical emergencies: the practical approach. London: BMJ Books; 2001. 454 p.
Capitoli di Libri
Meltzer PS, Kallioniemi A, Trent JM. Chromosome alterations in human solid tumors. In: Vogelstein B, Kinzler KW, editors. The genetic basis of human cancer. New York: McGraw-Hill; 2002. p. 93-113.
Atti di Congressi
Harnden P, Joffe JK, Jones WG, editors. Germ cell tumours V. Proceedings of the 5th Germ Cell Tumour Conference; 2001 Sep 13- 15; Leeds, UK. New York: Springer; 2002.
Relazioni in Congressi
Christensen S, Oppacher F. An analysis of Koza's computational effort statistic for genetic programming. In: Foster JA, Lutton E, Miller J, Ryan C, Tettamanzi AG, editors. Genetic programming. EuroGP 2002: Proceedings of the 5th European Conference on Genetic Programming; 2002 Apr 3-5; Kinsdale, Ireland. Berlin: Springer; 2002. p. 182-91.
Altro Materiale Pubblicato
Articoli su Quotidiani
Tynan T. Medical improvements lower homicide rate: study sees drop in assault rate. The Washington Post. 2002 Aug 12; Sect. A:2 (col. 4).
Materiale Audiovisivo
Chason KW, Sallustio S. Hospital preparedness for bioterrorism [videocassette]. Secaucus (NJ): Network for Continuing Medical Education; 2002.
Dizionari o Simili Riferimenti Bibliografici
Dorland's illustrated medical dictionary. 29th ed. Philadelphia: W.B. Saunders; 2000. Filamin; p. 675.
Materiale Non Pubblicato
In press“ o ”Forthcoming“
(Nota: NLM preferisce "Forthcoming" ad "In press" poiché non tutto può venire pubblicato) Tian D, Araki H, Stahl E, Bergelson J, Kreitman M. Signature of balancing selection in Arabidopsis. Proc Natl Acad Sci U S A. Forthcoming 2002.
Materiale Elettronico
CD-ROM
Anderson SC, Poulsen KB. Anderson's electronic atlas of hematology [CD-ROM]. Philadelphia: Lippincott Williams & Wilkins; 2002.
Articoli di Riviste su Internet
Abood S. Quality improvement initiative in nursing homes: the ANA acts in an advisory role. Am J Nurs [Internet]. 2002 Jun [cited 2002 Aug 12];102 (6):[about 1 p.]. Available from: http://www.nursingworld.org/AJN/2002/june/Wawatch.htmArticle
Monografie su Internet
Foley KM, Gelband H, editors. Improving palliative care for cancer [Internet]. Washington: National Academy Press; 2001 [cited 2002 Jul 9]. Available from: http://www.nap.edu/books/0309074029/html/
Homepage/Website
Cancer-Pain.org [Internet]. New York: Association of Cancer Online Resources, Inc.; c2000-01 [updated 2002 May 16; cited 2002 Jul 9]. Available from: http://www.cancer-pain.org/


Se un singolo lavoro ha più di uno e sino a quattro autori, questi vengono citati tutti sia in maniera diretta che indiretta. Qualora il numero degli autori sia più di quattro, verrà citato solo il primo autore seguito da et al. Ovviamente, in entrambi i casi, non si dovrà omettere la citazione dell’anno di pubblicazione. Per quanto concerne i campi elencati nei riferimenti bibliografici, l’unica sostanziale differenza tra le norme del Vancouver Style e quelle dell’Harvard System ancora una volta consiste nell’accoppiare al/ai nome/i del/gli autore/i l’anno di pubblicazione. Questo comparirà all’inizio del riferimento bibliografico subito dopo l’elenco degli autori e non più alla fine, subito dopo il nome della rivista. Tutte le altre voci che servono ad identificare una fonte biblio grafica rimangono invariate. Nella Tabella IV sono riportati alcuni esempi di citazione e stesura dei riferimenti bibliografici secondo l’Harvard System. Per informazioni più dettagliate su come stilare la lista dei riferimenti bibliografici (articoli originali, capitoli di libri, articoli elettronici, articoli su supporti non cartacei tipo CD-DVD) si rimanda alle linee guida del ICMJE per il Vancouver Style 3 e a quelle della Anglia Ruskin University per l’Harvard System 4.


LA RICERCA BIBLIOGRAFICA

Le banche dati elettroniche hanno non solo cambiato sostanzialmente il modo di condurre una ricerca bibliografica facendola passare da quella che era un tempo la lunga consultazione dei volumi dell’Index Medicus alla odierna ricerca rapida via Internet, ma hanno anche contribuito alla crescita della medicina basata sulla evidenza, rendendo più facile l’acquisizione di tutta la letteratura esistente e di conseguenza rendendo più completo e meno impegnativo in termini di tempo il lavoro necessario per la stesura di meta-analisi e review sistematiche.

Tabella IV - Citazioni e riferimenti bibliografici secondo l’Harvard System (modificato da Harvard System of Referencing Guide della Anglia Ruskin University - University Library). Per maggiori dettagli: http://libweb.anglia. ac.uk/referencing/harvard.htm

Citazioni
Dirette
In general, when writing for a professional publication, it is good practice to make reference to other relevant published work. This view has been supported in the work of Cormack (1994)
Indirette
Cormack (1994, pp.32-33) states that 'when writing for a professional readership, writers invariably make reference to already published works'. (N.B.: la citazione delle pagine è necessaria solo quando ci si vuole riferire ad una parte ben specifica dell’articolo citato)
Due, tre o quattro autori
With regard to PREP and the role of libraries, Crane and Urquhart (1994) suggest. Earlier research (White and Brown, 1966) demonstrated that the presence of certain chemicals would lead to...
Più di quattro autori
Green, et al. (1995) found that the majority ... Recent research (Green, et al., 1995) has found that the majority of ...
Riferimenti Bibliografici
Articoli su Riviste
Perry, C., 2001. What health care assistants know about clean hands. Nursing Times, 97 (22), pp.63-64. (fino a quattro autori vengono citati tutti, oltre i quattro solo il primo seguito da et al.)
Libri di Testo
Barker, R. Kirk, J. and Munday, R.J., 1988. Narrative analysis. 3rd ed. Bloomington: Indiana University Press. (fino a 4 autori vengono citati tutti) Grace, B. et al., 1988. A history of the world. Princeton, NJ: Princeton University Press. (con più di quattro autori, si cita il primo seguito da et al.)
Capitoli di Libri
Smith, J., 1975. A source of information. In: W. Jones, ed. 2000. One hundred and one ways to find information about health. Oxford: Oxford University Press. Ch. 2. (a posto del capitolo ed in sua alternativa può essere menzionata la prima e l’ultima pagina del capitolo stesso)

Le risorse bibliografiche nel campo delle scienze mediche disponibili sul web sono numerose. La Tabella V ne sommarizza le principali, dividendole per tipologia di documento da ricercare e associando a ciascuna la URL di accesso. Tra queste risorse, i database bibliografici sono di gran lunga i più utilizzati. I più famosi tra questi sono Medline e EMBASE. Il primo, prodotto dalla United States National Library of Medicine 1 è accentrato su tutte le scienze mediche, infermieristiche, veterinarie e odontoiatriche, incluse le aree socio-sanitarie e le scienze pre-cliniche e contiene oltre 11 milioni di citazioni bibliografiche catalogate dal 1960 in poi. Il secondo (EMBASE sta per Excerpta Medica Database) è, invece, prodotto da Elsevier Science. Molte riviste mediche sono presenti su entrambi i database. EMBASE contiene circa il 30% delle riviste presenti su Medline, ma si concentra specialmente su riviste mediche non in lingua inglese e di area europea, nonché sulle scienze farmacologiche. EMBASE sarà, pertanto, il database da consultare qualora si voglia restringere il campo della nostra ricerca su articoli pubblicati su riviste per es. in lingua francese o tedesca o sugli studi su farmaco. Altri importanti database bibliografici sono CINAHL per le scienze infermieristiche e PsycINFO per la letteratura scientifica nell’ambito della psicologia e della psichiatria.



Tabella III - Come accedere alle risorse bibliografiche, ai testi, agli studi sistematicMi,e adiic tarl iWalrictinlign-i cLia e ri caelrlcaa rbicibeliorcgraa f icdai base in campo medico presenti nel web. Vengono elencate solo le risorse principali; alcune risorse necessitano di registrazione, in alcuni casi la sottoscrizione non è gratuita (modificato da http://www.lib.unito.it/web/tutorial/fonti.html)

Tipo di documento ricercato Tipologia ed elenchi fonti da consultare Indirizzi web (URL)
Periodici biomedici Cataloghi (cartacei e on line) - Free Medical Journals
- Directory Open Access Journals
- Lista A-Z TROVA@UnitoPeriodici on line dell'Università di Torino
- Catalogo dei periodici cartacei ed elettronici delle biblioteche biomediche dell'Università di Torino
htpp://www.freemedicaljournals.com/
htpp://www.doaj.org/
htpp://malachia.unito.it:3210/unito/a-z/unito
htpp://biblio.med.unito.it/
Monografie (libri) Cataloghi (cartacei e on line) - SBN Online - Catalogo nazionale
- Catalogo@UniTo - Catalogo unico d'Ateneo
- LibrinLinea - Biblioteche piemontesi aderenti a SBN
htpp://sbnonline.sbn.it/zgw/homeit.html
htpp://cavour.cilea.it/SebinaOpac/Opac?sysb=
htpp://sbnweb.csi.it:8092/semplice.html
E-books (testi elettronici) Database - Books@Ovid
- FreeMedicalBooks
- CD-ROM Facoltà di Medicina - Università di Torino*
htpp://gateway.ovid.com/ovidweb.cgi?T=JS&MODE= ovid&PAGE=main&D=baov
htpp://www.freebooks4doctors.com/
htpp://cd-online2.unito.it/
Linee guida per la pratica clinica Database - NGC - National Guideline Clearinghhouse
- NELH's Guidelinesfinder
htpp://www.guideines.gov/
htpp://libraries.nelh.nhs.uk/guidelinesFinder/
Risorse Internet Motori di ricerca specialistici - SCIRUS
- OMNI: The UK's Gateway to High Quality Internet
Resources in Health and Medicine
- PreferiTO - La catalogazione del web
- ELISIR - Risorse per pediatri, ginecologi ostetriche e infermieri
htpp://www.scirus.com/srsapp/ htpp://omni.ac.uk/
htpp://library.unito.it/spt/
htpp://www.lib.unito.it/database/elisir.html
Spogli e citazioni bibliografiche Database bibliografici; strumenti di metaricerca
- PubMed
- EMBASE
- CINAHL (Ebsco)
- PsycINFO (Ovid)
- Google Scholar - beta
- HMIC database (Ovid)
- Metalib - Metaricerca d'Ateneo
htpp://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?otool=iitutolib
htpp://www.embase.com
htpp://www.ebscohost.com/thisTopic.php?topicID= 172&marketID=1
htpp://www.ovid.com/site/catalog/DataBase/139.jsp?t op=2&mid=3&bottom=7&subsection=10
htpp://scholar.google.com/
http://www.ovid.com/site/catalog/DataBase/99.jsp
http://malachia.unito.it:8331/V
Evidence-based Medicine (EBM) Database bibliografici o a testo completo; testi - Cochrane Database of Systematic Reviews -
Abstract gratuiti
- Database of Abstracts of Reviews of Effects (DARE);
NHS Economic Evaluation Database (NHS EED);
Health Technology Assessment (HTA) Database
- ACP Journal Club (Ovid)
- Clinical Evidence
- Clinical Evidence - ed. italiana (per medici)
htpp://www2.cochrane.org/reviews/index.html
htpp://www.crd.york.ac.uk/crdweb/
htpp://www.acpjc.org/
htpp://clinicalevidence.bmj.com/
http://aifa.clinev.it/
Informazioni sulla base genetica delle patologie Database bibliografici o a testo completo; testi - OMIM, Online Mendelian Inheritance in Man
- genome.gov: National Human Genome Research Institute
- Genetics Home Reference
- ORPHANET
- Metagene Online: Knowledge base for inborn errors of metabolism
- ERNDIM: European Research Network for evaluation and improvement of screening, Diagnosis and treatment of Inherited disorders of Metabolism
htpp://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=omim
htpp:// www.genome.gov/
htpp:// ghr.nlm.nih.gov/
htpp://www.orpha.net/consor/cgibin/ home.php?Lng=IT&PHPSESSID=1f513c7e9449 6d74809d2ffece70c6a2
htpp://www.metagene.de/index.html
http:// www.erndim.unibas.ch/
Informazioni sui farmaci Database fattuali
- Informatore Farmaceutico
- Micromedex
htpp://www.codifa.it/
htpp:// login.proxymedicina. unito.it/login?qurl=http%3a%2f%2fhealthcare. thomsonhc.com
Informazioni citazionali Database bibliografici
- Web of Science
- Scopus
htpp://isiknowledge.com
http://scopees.elsevier.com/

Figura 1 - La vecchia schermata di PubMed.

Vecchia schermata di PubMed

Il Health Management Information Consortium (HMIC) database riunisce, invece, i database bibliografici di due organizzazioni per la gestione della salute e della assistenza sociale nel Regno Unito: quella del Department of Health's Library and Information Services (DH-Data) e quella del King’s Fund Information and Library Service: l’accesso a questo database consente di raggiungere utili riferimenti nell’area del management della salute. I database bibliografici necessitano di interfacce di ricerca. Le maggiori tra queste sono PubMed e Ovid. La prima è un portale libero a tutti della United States National Library of Medicine con accesso al solo database Medline. La seconda è una organizzazione commerciale che fornisce il servizio ai soli sottoscrittori ma consente l’accesso a diversi database bibliografici, tra i quali EMBASE, PsycINFO, HMIC, ma anche Medline. Chi sottoscrive il servizio di Ovid può crearsi la propria piattaforma di accesso ad uno solo o a più database bibliografici. L’accesso a CINAHL è possibile attraverso un’altra interfaccia: EBSCO, oltre al database per il nursing EBSCO fornisce accesso anche ad altri database clinici e per il management sanitario. Sia PubMed che Ovid danno accesso non solo alle voci bibliografiche presenti nel database e oggetto della nostra ricerca, ma anche ai loro abstract e, ove possibile, al full text. La ricerca viene con più facilità portata a compimento se si utilizzano nei campi di ricerca i termini MeSH® (Medical Subject Headings) ** per PubMed o quelli contenuti in Thesaurus per Ovid. In entrambe queste piattaforme di interfaccia è possibile
brselezionare le voci di interesse per poi salvare la nostra ricerca in modo da affinarla successivamente o stamparla su supporto cartaceo; in quest’ultimo caso sarà possibile anche stampare tutti gli abstract delle voci selezionate. I risultati della ricerca possono essere salvati o stampati sia come file di testo che file HTML in entrambe le piattaforme PubMed e Ovid. Su PubMed, grazie alla funzione clipboard, è anche possibile mantenere la nostra ricerca in stand-by mentre se ne inizia un’altra, immagazzinando on line le voci selezionate.


IL NUOVO PUBMED

Poco meno di due anni fa, al fine di rendere più efficace il lavoro di ricerca delle fonti bibliografiche, l’interfaccia di ricerca elettronica PubMed ha cambiato veste: i cambiamenti, dapprima introdotti in una versione beta, sono stati resi definitivi nel sito oggi accessibile a tutti i visitatori. La ricerca avanzata, che un tempo veniva eseguita accedendovi dalla finestra Preview/ Index (Figura 1), è oggi possibile molto più semplicemente, una volta entrati nella nuova home page, cliccando sulle finestre degli strumenti per la ricerca avanzata (Limits e Advanced search) (Figura 2). Ovviamente, è sempre disponibile il box della ricerca standard. Dalla home page è possibile accedere sia ai tutorial audiovisivi di PubMed, alla ricerca sui soli studi clinici, cliccando su clinical queries, e al database dei MeSH® in modo da poter più facilmente indirizzare la ricerca digitando i termini più appropriati. Per rendere meno dispersiva e più incisiva la ricerca si possono porre delle limitazioni accedendo alla pagina relativa cliccando sulla finestra Limits direttamente dalla home page (Figura 3). Si può così restringere il campo di ricerca ad un determinato periodo cronologico di pubblicazione, alle sole riviste in lingua inglese piuttosto che in altre lingue, ai soli studi su uomo, ai soli studi con limitazione della fascia di età, a quelli su soggetti maschili o femminili, a una determinata tipologia di articolo (review piuttosto che clinical trial o editorial, ecc.). Una volta ristretto il campo della ricerca, selezionando per es. il periodo temporale in anni e la rivista nella pagina Limits, si accede alla Advanced search.

** MeSH® è marchio registrato PubMed; i MeSH sono i termini medici utilizzati per la ricerca nel database Medline.questa pagina è possibile portare avanti delle ricerche più specifiche, come nel vecchio PubMed avveniva in Preview/Index: selezionare l’area di ricerca (per titolo, autore, anno, termine MeSH, ecc.), accedere al database dei termini MeSH per ottimizzare la propria ricerca, utilizzare per la nuova ricerca il proprio storico (termini di ricerca già usati), accedere ai tutorial di PubMed, eseguire ricerche booleane *** (Figura 4).

*** Ricerche utilizzando ordinatori booleani, anche detti funzioni booleane. Queste sono funzioni proprie dell’algebra booleana, ideata dal matematico inglese George Boole, da cui ne deriva il nome. L’algebra booleana è un tipo di algebra in cui variabili e funzioni possono avere solo il valore 0 o 1 (binaria). Le funzioni booleane sono isomorfe ai circuiti digitali: poiché un circuito digitale può essere espresso tramite un’espressione booleana e viceversa, le funzioni booleane possono svolgere un ruolo chiave nella progettazione di circuiti digitali.





Figura 2 - La home page del nuovo PubMed, entrato in uso da circa due anni. N.B.: cliccando su clinical queries si accede alla ricerca per soli studi clinici.

Nuova schermara PubMed















Figura 3 - La ricerca può essere limitata utilizzando appositi filtri cui si accede cliccando sulla finestra ”Limits“: ad esempio si può limitare la ricerca agli ultime 2, 3, 5, 10 anni, ai soli lavori su uomo, ai soli lavori in inglese, ecc.

filtri PubMed

Figura 4 - Pagina della ricerca avanzata del nuovo PubMed. Si possono utilizzare per la ricerca termini MeSH, lo storico di precedenti ricerche o accedendo ad un elenco di ”topic specific queries“.

ricerca avanzata PubMed













Figura 5 - Pagina della ricerca avanzata del nuovo PubMed. Si può costruire la propria ricerca utilizzando più termini MeSH o l’anno di pubblicazione o il nome di uno o più autori, avvalendosi degli operatori della ricerca booleana AND, OR, NOT. In figura è indicato come si procede per una ricerca attraverso termini MeSH: nella finestra dei campi di ricerca digitare MeSH terms o MeSH subheadings, nella finestra alla destra della precedente digitare il termine MeSH o la sua iniziale se si vuole poi accedere all’elenco dei termini MeSH cliccando sulla finestra show index. Si seleziona il termine MeSH più appropriato per la nostra ricerca e si da quindi avvio alla stessa. Qualora si utilizzino più termini MeSH questi possono essere combinati mediante le funzioni booleane.

campo di ricerca su PubMed









Nella Figura 5 è riportata una esemplificazione di una ricerca, all’interno del riquadro Search Builder, impiegando termini MeSH: qualora questi non siano già conosciuti, possono essere estrapolati dall’elenco cui si accede cliccando sulla finestra Show index dopo aver digitato una o più lettere iniziali del termine da ricercare nella finestra alla destra dei campi di ricerca. Se si vuole condurre una ricerca con più termini MeSH, o combinare un termine MeSH con il nome di un autore, con l’anno di pubblicazione, con una rivista, si possono utilizzare le funzioni booleane cui si accede scegliendo una delle tre opzioni (AND, OR, NOT) nella relativa finestra a tendina sulla destra. Il significato e la potenzialità della ricerca booleana è facilmente intuibile con l’ausilio della Figura 6:
1. la funzione OR consente di sommare i due descrittori, per cui se desideriamo effettuare una ricerca con i seguenti termini descrittori: gastric surgery, laparoscopy, introducendo tra di essi la funzione OR avremo come risultato tutte le voci su gastric surgery sommate a tutte le voci su laparoscopy (anche quelle che con gastric surgery non hanno nulla a che fare).
2. la funzione AND è forse la più utilizzata. Se combiniamo gli stessi due termini descrittori introducendo tra di essi AND avremo come risultato della nostra ricerca solo tutte le voci bibliografiche in cui gastric surgery e laparoscopy sono presenti.
3. la funzione NOT serve ad escludere. Mantenendo lo stesso esempio precedente il NOT introdotto tra i due termini consentirà di avere come risultato solo quelle voci bibliografiche in cui sia presente gastric surgery ma non sia presente laparoscopy (solo chirurgia open!). Ricerche booleane più sofisticate possono essere realizzate con il cosiddetto NESTING, come esemplificato nella legenda della Figura 6. In questa maniera è possibile combinare non solo più descrittori ma anche più funzioni booleane tra loro.







Figura 6 - La ricerca booleana era possibile con il vecchio PubMed (nella finestra preview/index) e lo è ancora con il nuovo accedendo alla modalità advanced search. Ordinatori o funzioni booleane possono anche essere utilizzati contemporaneamente combinandoli mediante il ”NESTING“.

NESTING Laparoscopic gastrectomy AND (Azagra OR Kitano) (treatment OR diagnosis) AND Crohn (mesalazine OR sulfasalazine) AND (rheumatoid arthritis OR ankilosing spondylitis)) NOT (Crohn OR ulcerative colitis) Le parentesi ( ) servono per raggruppare porzioni di ricerca booleana in modo da formare ricerche più complesse. Vengono calcolate prima le espressioni all'interno delle parentesi, i risultati ottenuti sono poi messi in relazione tra loro ed elaborati per ottenere il risultato finale.

schema ricerca booleana









Una volta cliccata la finestra Search si ottiene il risultato della ricerca che occuperà una o più pagine, generalmente a gruppi di venti voci bibliografiche per pagina. Dalla schermata del risultato della ricerca è possibile ricavare altre interessanti indicazioni: in alto, subito prima dell’elenco delle voci, sono indicati i limiti che sono stati posti alla ricerca, se ve ne sono stati (anni, rivista, tipologia di articolo, ecc.); sulla destra, invece, appaiono, oltre al totale delle voci ricavate dalla nostra ricerca, alcune voci filtrate. Queste sono il numero delle review presenti nella ricerca e il numero di voci di cui è disponibile il full text gratuito on line (Figura 7). Dalla schermata dei risultati della ricerca si può accedere alla importante funzione di invio cliccando sulla apposita finestra Send in alto a destra (Figura 8A). Si aprirà una tendina che ci consentirà di salvare la ricerca come file o di metterla in stand-by sulla clipboard di PubMed o di inviarla per mail (anche non tutta la ricerca ma solo delle voci da noi precedentemente selezionate). Se si sceglie di inviare le voci selezionate alla clipboard, in qualunque momento noi potremo avere accesso alla clipboard, cliccando sulla apposita icona, dove rimarranno in memoria sino a 500 voci bibliografiche durante la nostra sessione di lavoro su PubMed (Figura 8B). Qualora si voglia accedere esclusivamente alla ricerca di studi clinici e review, è possibile farlo senza entrare nella pagina della Advanced search, bensì direttamente dalla home page di PubMed, cliccando su Clinical queries. Si accede alla pagina illustrata in Figura 9. Nella finestra delle aree di ricerca che si apre a tendina si può cliccare, ad es. su Therapy. Si ha poi l’opzione di richiedere una ricerca ristretta o allargata. Nel box di ricerca si digita il termine MeSH o l’argomento della ricerca. Cliccando sul pulsante Search compariranno tre liste di voci bibliografiche, rispettivamente sotto la colonna dei Clinical studies, sotto quella delle Systematic reviews e sotto quella di Medical genetics.


ALTRE RISORSE

Un altro database bibliografico di interesse peculiare per la sua caratteristica costruzione è Google Scholar di cui è presente nel web una versione beta accessibile a tutti (Figura 10). È possibile limitare la ricerca delle voci bibliografiche ad un determinato periodo temporale o farla senza limiti. Una volta che compare la pagina dei risultati, le voci sono ordinate per numero di citazioni ricevute da ogni singolo articolo. Nella pagina dei risultati della ricerca sarà, inoltre, possibile visualizzare il titolo e gli autori dell’articolo con link relativo al suo abstract o al testo completo qualora disponibile, e un link per gli articoli correlati (Figura 11).





Figura 7 - Risultato della ricerca. Nella pagina sono evidenziati i filtri di limitazione della ricerca sulla sinistra e, sulla destra numero totale di risultati con i filtri utilizzati, numero delle review presenti e numero degli articoli di cui è disponibile sul web il free full text. In basso a sinistra si può vedere quanti di questi articoli, il cui testo completo è disponibile gratuitamente, possono essere ricercati su PubMed Central.

risultato ricerca PubMed



Figura 8 - La propria ricerca può essere salvata su file, inviata per e-mail o sulla propria clipboard (A). La schermata in basso mostra come appare la clipboard personale con tutti i risultati selezionati e qui inviati (B).

salvataggio ricerca su file esterno



Figura 9 - La pagina di ricerca dei soli studi clinici cui si accede dalle clinical queries (vedi anche Figura 3).

ricerca studi clinici su PubMed



Figura 10 - Home page di Google Scholar. Questo motore di ricerca fa comparire tutti gli articoli pubblicati ordinandoli per numero di citazioni ricevute.

home page Google Scholar



Figura 11 - Ricerca su Google Scholar: è possibile filtrare i risultati per anno/i di pubblicazione. Sotto al titolo ed agli autori dell’articolo, oltre al numero di citazioni, è possibile accedere agli articoli correlati cliccando sull’apposito link.

metodi ricerca Google Scholar



Figura 12 - Ricerca su Google Scholar: sono presenti altri 3 link: all’eventuale free full text, alle biblioteche ove è possibile reperire copia cartacea dell’articolo, e a tutte le risorse web in cui è possibile trovare l’articolo.

articoli correlati









Nella pagina dei risultati della ricerca su Google Scholar si trovano altri tre link: quello per visualizzare le biblioteche che possiedono una copia cartacea della rivista contenente l’articolo trovato, quello per visualizzare tutte le versioni dell’articolo disponibili sul web e, infine, il link per il full text dell’articolo qualora disponibile gratuitamente sul web (Figura 12). Un database che necessita di sottoscrizione ma di estrema utilità per coloro che debbano scrivere delle meta-analisi o delle review o che debbano condurre dei trial clinici è il Cochrane database for Systematic Reviews (Figura 13). Si accede a questo attraverso la Cochrane Library, da dove è possibile accedere anche al registro dei trial clinici randomizzati (Cochrane Central Register of Controlled Trials). Un altro importante registro degli studi clinici controllati, accessibile e gratuito per tutti, è ClinicalTrial.gov (http://www.clinicaltrial.gov/), un servizio degli United States National Institutes of Health, ove è possibile sia la registrazione di un proprio trial clinico controllato sia la ricerca di trial clinici in corso o, comunque, già registrati, nell’ambito del proprio campo di interesse. È possibile la consultazione dei protocolli di ricerca di ogni trial registrato.


SOFTWARE PER LA GESTIONE DELLE VOCI BIBLIOGRAFICHE

Nella vita di qualunque ricercatore, la raccolta della bibliografia è una costante nel tempo. I lavori cartacei vengono usualmente archiviati fisicamente. La loro gestione risulta con gli anni sempre più difficile a meno che non si ricorra ad una vera e propria catalogazione, una volta su supporto cartaceo, oggi, generalmente, su supporto elettronico, come avviene nelle biblioteche per la catalogazione dei volumi posseduti. Tutto questo non solamente richiedeva e richiede un grande dispendio di tempo ma spesso non porta ai risultati desiderati, comportando difficoltà nel ritrovare i lavori utili al momento o ricordare la loro rilevanza e/o i loro contenuti. Oggi l’archiviazione di lavori e di voci bibliografiche, ottenuti mediante ricerca elettronica, è possibile utilizzando degli appositi software di gestione dei riferimenti bibliografici (software for referencing management).

Figura 13 - Schermata dell’elenco delle review della Cochrane Collaboration. Abstract delle review accessibile, per avere accesso al full text bisogna essere abbonati alla Cochrane Library ed eseguire il login richiesto. L’indirizzo web della ”Directory“ delle Review è il seguente: http://www2.cochrane.org/reviews/en/index_list_a _reviews.html.

Cochrane Collaboration









per la catalogazione dei volumi posseduti. Tutto questo non solamente richiedeva e richiede un grande dispendio di tempo ma spesso non porta ai risultati desiderati, comportando difficoltà nel ritrovare i lavori utili al momento o ricordare la loro rilevanza e/o i loro contenuti. Oggi l’archiviazione di lavori e di voci bibliografiche, ottenuti mediante ricerca elettronica, è possibile utilizzando degli appositi software di gestione dei riferimenti bibliografici (software for referencing management). Sul mercato ed on line, sia a pagamento che gratuiti e con libero accesso, esistono diversi programmi di reference management. Quelli gratuiti sono disponibili esclusivamente on line. Sono due le funzioni essenziali da ricercare in un programma di gestione della bibliografia: la possibilità di importare nel database del software di reference management le citazioni dai più importanti database bibliografici (PubMed, EMBASE, ecc.), e la compatibilità con il word processor che viene utilizzato sul proprio PC. Dal lavoro in simultanea del programma di reference management e del word processor è così possibile evidenziare nel testo le varie citazioni e produrre alla fine la bibliografia relativa. I più conosciuti ed utilizzati tra questi software, entrambi protodotti da ISI ResearchSoft, sono Reference Manager® **** e EndNote® *****.

**** Reference Manager® è marchio e software registrato, prodotto dalla Thomson Reuters. Per ulteriori informazioni visitare il sito web http://refman.com/ ***** EndNote® è marchio e software registrato, prodotto dalla Thomson Reuters. Per ulteriori informazioni visitare il sito web www.endnote.com/

Sia Reference Manager che EndNote possiedono tutte le funzioni di un software per la gestione dei riferimenti bibliografici: consentono la ricerca dei riferimenti on line, la gestione dei propri database, la creazione e l’impaginazione delle bibliografie. Reference Manager permette, inoltre, una gestione semplificata della condivisione di dati, il lavoro on line e la pubblicazione su Internet. Reference Manager e EndNote consentono di importare i riferimenti da Internet, dapprima ricercando nelle biblioteche on line e poi importando istantaneamente i riferimenti selezionati nel proprio database. Si può accedere a centinaia di dati compatibili con il formato dei più conosciuti database bibliografici (PubMed, Web of Science, Current Contents Connect...) ed effettuare le ricerche contemporaneamente su più database. Importare direttamente le voci bibliografiche senza doverle digitare è uno dei maggiori benefici che si ottengono da questo tipo di programmi. Le voci bibliografiche dapprima identificate in uno dei database bibliografici disponibili sul web, e poi evidenziate, vengono salvate in un formato importabile. In questo formato, tutti i campi sono identificati da una etichetta che ne consente il riconoscimento da parte di altri programmi (ad es. AU per Autore o TI per Titolo). Le voci vengono così importate nel proprio database evitando tutti gli errori che sarebbero stati possibili digitandole singolarmente. Entrambi questi programmi consentono di organizzare in modo ottimale il proprio database, essendo provvisti di funzioni per la semplificazione della gestione dei dati:
– creazione di sinonimi per le parole chiave, gli autori e le riviste (ottimizzando così le funzionalità di ricerca e, ad esempio, l’individuazione di duplicati);
– numero illimitato di riferimenti per ogni database, apertura contemporanea fino a 15 database e possibilità di effettuare tutte le operazioni sulle 15 basi contemporaneamente;
– visualizzazione personalizzata dei riferimenti;
– creazione di link multipli con Internet o i file OLE (con un semplice clic si lancia il programma adeguato e si visualizzano i file corrispondenti).

L’elaborazione delle bibliografie è una delle funzioni fondamentali di un programma di gestione delle voci bibliografiche. La barra degli strumenti di Reference Manager o di EndNote si installa automaticamente nel word processor (ad es. Microsoft Office Word) in uso sul proprio computer. Attraverso questa è possibile individuare in uno o più database del software di gestione (Reference Manager o EndNote) i riferimenti da ricercare ed inserirli automaticamente nel documento Word. Entrambi questi software di reference management assicurano l’impaginazione delle citazioni nel corpo del documento (nello stile scelto) e creano automaticamente la bibliografia alla fine del documento. È possibile creare bibliografie sia secondo il Vancouver Style che l’Harvard System. Correzioni del documento e cambiamento di stile sono possibili in qualsiasi momento: il software modificherà di conseguenza tutti i riferimenti nel testo così come la bibliografia finale. L’ultima versione per rete di Reference Manager, infine, consente la condivisione dei database e la pubblicazione web. Più utilizzatori possono simultaneamente consultare e modificare le informazioni contenute nei diversi campi dei database condivisi. L’ultima versione (la 12.0) integra un server web che permette di pubblicare on line fino a 15 database. Tutti i possessori di un browser per Internet possono accedere al sito WebPublisher, effettuare delle ricerche, creare delle liste o esportare dei riferimenti in formato RIS o XML. Tra i programmi di reference management disponibili on line con accesso gratuito mi piace ricordare per la sua completezza e versatilità Zotero ******. Zotero è una libera estensione di Mozzila Firefox® che coadiuva nella raccolta, l’organizzazione, la citazione e la condivisione delle risorse di ricerca. Vive proprio dove viene eseguito il proprio lavoro, ovvero nel motore di ricerca del web (web browser) stesso. Zotero è un ampliamento libero ed open source dell’Internet browser Firefox. Consente agli utilizzatori di usufruire della maggior parte delle funzioni dei più conosciuti software di reference management a pagamento: organizzazione dei dati bibliografici; archiviazione di snapshots di web-page e di altri oggetti elettronici; attraverso una estensione separata consente anche la citazione delle voci all’interno di un testo (elaborato con Microsoft Office Word o OpenOffice.org Writer) e la creazione automatica di bibliografie in differenti formati (quali APA e MLA).


BIBLIOGRAFIA

1. Lirici MM. La rubrica di Medical Writing su Ospedali d’Italia Chirurgia: Introduzione e Principi Generali. Ospedali d’Italia Chirurgia 2008; 15: 1-10.
2. Lirici MM. La rubrica di Medical Writing su Ospedali d’Italia Chirurgia: Processo di peer-review e pubblicazione. Ospedali d’Italia Chirurgia 2010; 16: 1-9.
3. ICMJE. Uniform Requirements for Manuscripts Submitted to Biomedical Journals: Writing and Editing for Biomedical Publications. www.icmje.org.
4. Anglia Ruskin University. University Library. Harvard System of Referencing Guide. http://libweb.anglia.ac.uk/referencing/harvard. htm